本发明属于植物分子生物技术和基因工程领域，具体涉及一种基于油份关联基因与含油量动态相关性预测玉米未知基因功能的方法，该方法是通过以下步骤实现的：首先收集玉米自交系授粉后15天的籽粒转录本测序获得基因表达量数据；收集与玉米籽粒含油量相关联的基因数据；收集玉米自交系组成的关联群体的籽粒含油量数据；建立动态关联分析LA模型；LA显著性评估；在全基因组范围内挖掘调控油份关联基因与含油量的动态相关性的基因；对显著LA结果的基因进行功能注释，预测未知基因的功能。本发明以玉米籽粒中基因对共表达模式动态关联这一现象为突破口，预测未知基因功能。相比较于传统的共表达网络构建，动态关联分析可以快速找到调控共表达模式的调控基因。