本发明涉及一种生物柴油副产物基胶黏剂及其制备方法和应用，属于化学胶粘剂技术领域。将生物柴油酯交换过程中分离的副产物粗甘油精制，以此精制甘油、乙二醇、戊二酸酐、乙二胺乙磺酸为主要原料制得聚酯-聚醚多元醇水乳液，以甲苯二异氰酸酯、丙二醇聚醚多元醇为原料制得端异氰酸酯聚氨酯，使用时，将聚酯-聚醚多元醇水乳液和端异氰酸酯聚氨酯按比例共混即可。本发明的胶粘剂用于木材的粘接。