本发明公开了一种应用于河道的翻斗式防淤回灌系统，包括回灌池和回灌井，所述的回灌池内设置有反滤料，所述的回灌池设置于河道护坡，所述的回灌井设置于坡顶的下方，所述的回灌池通过回灌管道与所述的回灌井相连通，且所述的回灌管道上设置有用于控制所述回灌管道通断的阀门。所述回灌池的上方设置有透水盖板，所述的回灌池内位于所述反滤料的上方设置有用于对透水盖板上方的水流进行局部扰动的扰动机构。该回灌系统不仅能够有效的防淤，防止反滤料被冲走，而且在水质污染时可以应急关闭阀门，防止被污染的水回灌至地下水含水层。