本发明属于植物分子生物技术和基因工程领域，具体涉及一种基于基因表达量与性状动态相关性预测玉米未知基因功能的方法，该方法是通过以下步骤实现的：首先收集玉米自交系授粉后15天的籽粒转录本测序获得基因表达量数据；建立动态关联分析LA模型；LA显著性评估；挖掘玉米全基因组基因共表达模式的动态关联；对显著LA结果的基因进行功能注释，预测未知基因的功能。本发明以玉米籽粒中基因对共表达模式动态关联这一现象为突破口，预测未知基因功能。相比较于传统的共表达网络构建，动态关联分析可以快速找到调控共表达模式的调控基因。
