本发明公开了一种基于分子对接寻找药物多个结合靶点的模拟计算方法：首先利用计算机辅助药物设计技术，利用Autodock软件将蛋白与药物小分子进行分子对接，对复合物进行靶点筛选；再次以加入的药物小分子组合物为目标化合物，对其进行第二轮靶点筛选，直至找到实验上所对应药物与蛋白的摩尔配比的靶点坐标。本发明的筛选方法快捷、高效、经济，准确性高，解决了药物小分子与蛋白的多摩尔配比问题。