本发明属于玉米育种和分子生物学领域，一种与玉米籽粒大小相关的分子标记及其应用。所述分子标记为玉米skm基因上如SEQ No：1所示的DNA序列，所述DNA序列第165bp处存在一个SNP位点，此处碱基为G或C，此处碱基为G的对应大籽粒玉米，此处碱基为C的对应小籽粒玉米。本发明可替代传统的待玉米成熟后判断玉米籽粒大小的方法，完全排除人为因素的影响，使结果更加准确可靠。与传统方法更为简单有效，能极大地提高时间效益和经济效益，并可用于大规模筛选育种材料，大大加快玉米育种研究的进程。