本公开提出了基于输出跟踪的APF控制方法、系统及应用，包括：建立有源电力滤波器APF的数学模型；针对有源电力滤波器，基于上述模型，获得其在所有工作模式的连续状态空间表达；将有源电力滤波器在所有工作模式的连续状态空间表达进行离散化并求解出在给定初值情况下，有源电力滤波器所有工作模式的解；分别求取有源电力滤波器每种工作模式的解与a相谐波电流、b相谐波电流及采集到的直流侧电压的平方和，平方和最小的工作模式确定为有源电力滤波器的工作模式。能实现对谐波电流的精确补偿，可以减小补偿误差，提高补偿的精确度，实现快、准、稳的控制。