本发明公开了一种甲醇-甲酸丙酯共沸物的间歇萃取精馏的分离方法。通过该方法，在常压或减压下，使用乙二醇或N-甲基吡咯烷酮和离子液体1-乙基-3-甲基四氟硼酸盐[Emim][BF4]为萃取剂，由塔顶依次采出合格的甲醇、异丁醇，当加热釜的萃取剂组成达到要求时，将萃取剂泵入高位储槽，加料进行下批间歇萃取精馏分离。本发明的优点在于采用离子液体与常用的溶剂作萃取剂，来坏甲醇-甲酸丙酯共沸体系，得到高纯度的甲醇跟甲酸丙酯产品。