本发明具体公开了一种调节阀故障诊断系统及其方法，包括调节阀系统、数据采集装置、故障诊断系统和显示装置，所述的调节阀系统与数据采集装置相连，所述的数据采集装置和显示装置分别与故障诊断系统相连。本发明的有益效果是：通过质量流作为故障诊断的基础信号，其与压力信号相比抗扰动强，可消除因调节阀开启、关闭或上、下压力波动对信号的影响，提高故障诊断的可靠性。通过数据处理可实现压力数据转换为质量流数据，由压力采集传感器代替质量流采集传感器，降低故障诊断系统的成本。