本发明公开了串并联梯级泵站输水系统运行效率计算方法及系统；包括：将串并联梯级泵站输水系统进行时空分解，空间维度上，将并联系统分为若干串联系统，将串联系统分为泵站子系统和输水子系统；时间维度上，将调度过程划分为若干相对平衡时段，泵站水位、流量等参数在平衡时段内恒定；计算串并联梯级泵站输水系统影响因素；建立泵站子系统运行效率表达式；根据是否计入级间水力、水量损失和是否有分水，建立三种工况类型下的输水子系统运行效率表达式；进而建立三种不同工况类型下的串联和并联梯级泵站输水系统运行效率计算模型。本发明解决了串并联梯级泵站输水系统调度运行存在复杂性和动态性，难以对其运行效率进行定量计算的难题。