本发明公开了一种基于卡尔曼滤波的指令电流检测算法及系统,包括:测量三相负载中的负载电流瞬时值;利用clark变换,将三相负载中的负载电流瞬时值变换到α‑β两相正交坐标系中:经过坐标变换得到瞬时有功电流ip和无功电流iq;基于ip_ iq建立离散系统状态方程和测量方程;利用卡尔曼滤波器对ip和iq进行滤波,得到直流分量;通过坐标反变换得到基波正序电流,将基波正序电流与负载电流相减得到总补偿电流。本发明方法能够快速的跟踪负载电流的变化,检测出补偿电流指令参考信号,与使用Butterworth LPF的算法相比,其检测速度快、实时性好,且三相幅值波动小,从而使得补偿速度更快,效果更可靠。