本公开公开了DNA序列相似率安全计算方法及系统，每个客户端获取待计算相似率的DNA序列；每个客户端利用自身的公钥对获取的待计算相似率的DNA序列进行加密处理，得到加密的待计算相似率的DNA序列；每个客户端将加密的待计算相似率的DNA序列发送给云服务器C；云服务器C将所有客户端的公钥进行累乘，生成公共公钥PK；云服务器C和云服务器S将加密的待计算相似率的DNA序列转换为通过公共公钥PK加密的密文，得到重新加密的待计算相似率的DNA序列；从云服务器C和云服务器S中分别选取重新加密的待计算相似率的DNA序列，对重新加密的待计算相似率的DNA序列进行同态加密运算，得到DNA序列相似率。
