本发明公开了基于系统拓扑模型的PMU配置方法,包括,将连接叶节点的非零注入节点作为PMU的安装位置;从支路连接数量最大的节点出发,以不可观测的非零注入节点作为PMU配置的初始候选量测,当两个节点链接程度大时,只对其中一个节点配置PMU;一旦某节点确定配置PMU后,会使候选节点中与其相连的其它节点可观,则更新候选节点;当候选节点的数量为零时,配置完成,进行冗余检测,此时整个系统可观。以节点间的连接情况为基础,以节点间的链接程度为配置的基准,对PMU进行配置。并通过矩阵元素间的运算来实现配置,加快了运算速度。