本发明属于功能基因组学领域，具体涉及一种基于基因对共表达模式动态关联解析玉米籽粒类胡萝卜代谢调控机制的方法，该方法是通过以下步骤实现的：通过玉米基因组数据库maizeGDB下载类胡萝卜素代谢通路中的关键基因13个；收集玉米自交系授粉后15天的籽粒转录本测序获得基因表达量数据，提取上述13个关键基因的表达量数据；动态关联分析LA模型的建立；利用动态关联分析鉴定通路中关键基因之间的调控关系。本发明基于动态关联分析, 挖掘类胡萝卜素代谢途径中的13个关键基因的调控关系，解析籽粒类胡萝卜合成和累积的调控机制，为分子标记辅助育种提供最佳的基因组合, 对提高玉米中胡萝卜素以及改善玉米品质有重要的意义。
