一种船用发动机燃料供给系统及方法,系统包括控制器、LNG燃料储存系统、船用主推缸内高压直喷LNG发动机燃料供给系统和船用发电辅机燃料供给系统;LNG燃料储存系统包括LNG罐、LNG压力传感器和LNG液位传感器,船用主推缸内高压直喷LNG发动机燃料供给系统包括LNG潜液泵、LNG汽化器、高压天然气稳压罐和主推燃气电磁阀,船用发电辅机燃料供给系统包括天然气减压器、低压天然气稳压储气罐、辅机燃气电磁阀和泄压燃气管路;本发明采用高压直喷LNG发动机和普通火花点火天然气发动机联合工作的方式,不仅提高了船载LNG燃料的利用效率,节约了能源;而且无需向空气中放散天然气,减少了温室气体的排放。