本发明公开了一种高纯度SAPO?44微孔分子筛的制备方法,以磷源、铝源、硅源、复合模板剂和水为原料制得混合物凝胶,将混合物凝胶密闭晶化,所得晶化产物洗涤、干燥、焙烧除去复合模板剂,得SAPO?44微孔分子筛,所用复合模板剂为R1和R2,所述R1为乙二胺(EDA)、二乙烯三胺(DETA)、三乙烯四胺(TETA)、四乙烯五胺(TEPA)或五乙烯六胺(PEHA),所述R2为N, N, N’, N’?四甲基?1, 6?己二胺(TMHD)。本发明使用有机胺复合模板剂,促进SAPO?44的形成,通过对其使用量的调整,仅需一次晶化即可得到高纯度的SAPO?44分子筛,制备过程易于操作、周期短,便于工业化应用。