本发明公开了一种气水异向流磁生物过滤净水系统及净水方法。磁性生物滤料层外部被电磁场发生装置的螺旋线圈缠绕,螺旋线圈通过阳极线、阴极线与直流电源相连,磁性生物滤料层上部和底部分别与配水室和曝气出水室相连接,曝气出水室接有曝气装置和反冲洗装置,整个系统的气水流异向,气体由下而上,污水由上而下。本发明的净水方法,包括如下步骤:(1)原水通过配水室进入磁性生物滤料层;(2)同时,气体通过曝气出水室进入磁性生物滤料层;(3)在磁场作用下,经过物理过滤、截留、好氧生物处理去除污染物;(4)出净水。本发明的净水系统将磁场和生物作用耦合在一个反应器内,加强了整体的处理效果,出水水质稳定。