本发明公开了一种厌氧好氧电催化耦合净水系统及净水方法。厌氧好氧电催化耦合净水系统的三维粒子电极层位于吸附型生物滤料层上部，三维粒子电极层与吸附型生物滤料层通过不锈钢孔板电极相连接，吸附型生物滤料层底部与配水室通过塑料多孔板的形式相连接，配水室接有回流装置，曝气盘将吸附型生物滤料层分为厌氧段和好氧段。本发明的净水方法，包括如下步骤：(1)原水配水室里与回流水混合；(2)物理过滤、截留；(3)厌氧/好氧生物处理去；(4)高级氧化；(5)出净水。本发明将厌氧、好氧、高级催化氧化耦合在同一反应器内，各个阶段相互协同，达到预定的处理效果，出水水质稳定。