本发明涉及一种环氧丙烷皂化废水活性污泥宏基因组DNA的提取方法,步骤如下:(1)取活性污泥,然后加入氯化钠溶液洗涤,制得初洗污泥;(2)向初洗污泥中加入提取缓冲液和溶菌酶溶液;然后加入十二烷基硫酸钠溶液,离心取上清液;(3)加入Tris-饱和酚溶液,再加入Tris-饱和酚溶液,离心取上清,制得提取液A;(4)加入混合溶液I,再加入混合溶液II,离心取上清,加入乙酸钠溶液,再加入预冷无水乙醇,离心取沉淀,制得粗提物;(5)加入乙醇溶液,离心,收集沉淀,再加入TE缓冲液和RNaseA溶液,即得。本发明提高了活性污泥宏基因组DNA样品的产量和质量。